兵士として巨人と戦うエレンは自らが巨人化し、審議の結果、調査兵団特別作戦班ことリヴァイ班への所属が決定する。壁外調査へ出発したエレンたちだったが、知性を持つ女型の巨人に襲撃される。多くの犠牲を払いながら、ついに女型の巨人を捕獲することに成功した調査兵団だったが……。