特別な能力を持つミュータントたちが人類を守ろうと戦いを続けてきたチーム“X－MEN”。だが、宇宙で起きたある事故を解決するためのミッションで、“X－MEN”の女性メンバー、ジーンは謎の熱放射を浴びた結果、彼女の中で悪の人格“ダーク・フェニックス”が覚醒してしまい、彼女は人類全体を絶滅させかねないほど危険な存在になっていく。“X－MEN”の指導者プロフェッサーXはジーンを窮地から救おうとする。