コナンら少年探偵団は、西多摩市にある完成間近の日本一高いツインタワービルに立ち寄った。最先端のハイテクビルには、その建設にからんで暗躍した怪しい面々が集っていた。そしてビル内で起きる第一の殺人。そんな中、コナンは信じられないものを目撃する。黒のポルシェ356A、コナン＝工藤新一に毒を飲ませた男、ジンの愛車だ。“黒ずくめの組織”がここに？　さらに灰原哀がひそかに何者かとコンタクトを取りはじめ……。