ペルソナ能力者たちの対シャドウ組織・特別課外活動部の一員となった理。最初は請われるままに参加しただけだった理だが、影時間の謎を追い、シャドウと死闘を重ねる中で、少しずつ仲間たちとの絆を結んでいく。なぜか理のそばにいることも任務だという美少女戦闘ロボットのアイギスら新たな仲間も加わり、かつてない充実した日々を過ごす理。その一方、彼はシャドウに勝利し、この時間が終わることに名残惜しさを抱き始めていた。