桜舞う入学初日、晴れて中学生の一員となった武藤結月は女子高特有の百合に憧れていた。そんな所を見計らったかのように容姿端麗な高等部の上級生舟木碧生から声をかけられ、部活動へと誘われる。色めき立つ結月はその活動内容を聞くと、信じ難いことに学校公認で合理的に拷問を行い研究するという拷問部だった。想像を絶する答えに逃亡を図るも、拘束具を取り付けられ、同級生の小橋蒼空、その姉の小橋悠里、初等部の新崎苺花の部員達の前に晒され、半ば強制的に入部させられる。徐々にディープな世界を知っていく結月と、個性的な部員達の拷問ライフが始まった。