21世紀中盤、地球温暖化に伴い海面が上昇、その混乱のさなか世界各地に現れた“霧の艦隊”が全海域を支配してしまう。そんなある日、横須賀・海洋総合学院の士官候補生、千早群像の前に霧の艦隊の潜水艦・イ401が現れ、群像はそのメンタルモデル・イオナに導かれてイ401に乗り込む。そして、政府の極秘依頼を受けた群像は、対「霧」最終兵器・振動弾頭のサンプルをアメリカに届けるために出発する。