西暦2199年、地球から遠く離れた大マゼラン星雲にある惑星イスカンダルで汚染浄化システム、コスモリバースシステムを受け取り帰路につく宇宙戦艦ヤマトの前に、ガトランティスのグタバ遠征軍大都督率いる雷鳴のゴラン・ダガームが現れる。ダガームはヤマトの引渡しを要求。さらにガトランティスの最新兵器、火焔直撃砲という空間を超越するビーム兵器で攻撃をしかける。すんでのところでワープし退避したヤマトは、薄鈍色の異空間を彷徨う。さらに導かれるように謎の惑星へと向かっていくヤマト。古代（声：小野大輔）らが調査のため惑星に降り立つと、そこにあるはずのない艦を見つける。この惑星こそ、ダガームの探す宝の星だった。ヤマトを追跡するダガームは、邪魔なヤマトをあぶりだそうと火焔直撃砲の砲門を惑星に向ける……。