かつてミクロの種族、ミニモイに変身して彼らの国を救った少年アーサーは、再びミニモイの国への扉が開く満月の夜を心待ちにしていた。だがそんな矢先、彼のもとに米粒に記されたSOSメッセージが届く。もしや王女セレニアや友人たちに危険が？　心配したアーサーは呪術師たちの助けを借りてミクロ化し、いち早くミニモイの国へと舞い戻った。そんな彼を待ち受けていたのは、宿敵マルタザールの復活という悪い知らせだった。