西暦2059年、第25次超長距離移民船団「マクロス・フロンティア」は、新たなる世界を求めて銀河を巡航していた。そんな折、未知の敵バジュラと出くわした彼らは戦闘態勢に突入する。その陣頭に立っていたS.M.Sスカル小隊隊長のオズマ・リーはある日バジュラとも異なる見たことのない生命体と出会い、ある船団の記録映像を手渡される。