琵琶湖の畔にある『滋賀中央刑務所』からひとりの男が出所した。男の名前は宅間善人（草彅剛）。１０年前に殺人未遂罪で逮捕・起訴され懲役１５年の判決を受けて刑務所に服役していたが、事件から１０年たった今、意識不明だった被害者が突如目を覚まし、自分に暴行を加えたのは宅間ではないと証言。１０年前の事件の冤罪が証明され、晴れて出所することとなったのだ。刑務所を出た宅間の前に、京都府警副本部長の高倉紀一郎（大杉漣）が現れる。事件当時、京都府警広報課に在籍していた宅間を再び京都府警に復職させ、『特別捜査係』という、仰々しい名前は形だけの閑職を作ったのだった。実は宅間は『犯罪者の心理を知る』スペシャリスト。服役中に犯罪者の「犯行の手口」「犯罪に使う技能」「犯罪に走った背景や心理的傾向」…すべてをデータとして記憶に焼き付けた、という特異な能力を持つ、いわば犯罪に精通した人物なのだ。『特別捜査係』には元捜査一課のおばさん刑事・姉小路千波（南果歩）をはじめとした個性的なメンバーが集められていた。千波は宅間とは真逆で、被害者に寄り添い、犯罪者を憎むタイプの熱血刑事。捜査一課よりも自由に犯罪捜査ができるようになる、と意気込んで『特別捜査係』にやってきた千波は、閑職という現実にがく然とする。さらに、宅間とタッグを組むことになってしまい、ひと癖もふた癖もある宅間という男の存在に、千波らは終始イライラ…。元捜査二課の松原唯子（芦名星）、元警備部の堀川耕平（平岡祐太）、そして元鑑識課の猪熊佐千夫（佐戸井けん太）といった同僚、上司たちもひと筋縄ではいかないスタッフが集まっていた。 そんな折、事件捜査への意欲に溢れる千波が、捜査一課で未解決の４つの殺人事件を『特別捜査係』に持ち込んでくる。一見、まったく無関係に見えたこれらの殺人事件だったが、宅間はある法則を発見。宅間と千波はその推論をもとに、反発し合いながらも事件解決へと突き進んでいく！