人間型ロボット・レイバーの衰退を受け、ついに解隊が現実味を帯びてきた警視庁特車二課パトレイバー中隊。ある日、テロ集団が自衛隊のへリコプターを奪い去るという事件が発生する。しかも、奪われたのは機関砲、空対地ロケット、ミサイルをフル装備した上に、熱工学迷彩仕様で背景と同化ことができる最新鋭の改グレイゴーストことAH-88J2だった。都民を人質にするかのように、東京都庁やレインボーブリッジが破壊され、特車二課はパトレイバー・イングラムを稼働させる。