1983年。文明が誕生する前から神として君臨していた、ミュータントの始祖でもあるアポカリプスが、突如として長い眠りから覚醒する。数千年ぶりに目にした人間とその文明が、誤った方向に進んでしまったと考えた彼は新しい秩序が必要だと判断。マグニートーなど、4人のミュータントを率いる。彼の存在と考えを知ったプロフェッサーXは、ミスティークらと共にその行動の阻止に挑む。