異星人・天人（あまんと）の来訪によって開国した別の世界の江戸末期。かつて白夜叉の異名を取る凄腕の攘夷志士だった銀時は、現在では便利屋を営みながら仲間たちと平穏に暮らしていた。そんなある日、銀時は唐突に5年後の世界に連れて行かれる。そこで彼が目にしたものは、自分自身の墓と、奇病により荒廃した江戸の町だった。本来この世界にいない彼は、珍さんと名乗り、なぜか対立する神楽と新八に再会する。