白凰女学院高等部に通う加藤茉莉香は、政府発行の「私掠船免状」を持った合法の宇宙海賊。学業、宇宙ヨット部部長、喫茶店ランプ館でのアルバイト、さらに、宇宙海賊船・弁天丸の船長と、大忙しな日々を送っている。3年生への進級を間近に控えた春休みのある日、豪華客船での海賊営業の仕事を請けた茉莉香は、乗客リストの中に銀河パスの所有者･無限彼方の名前を発見。彼方の父で高名な「亜空間ダイバー」の無限博士との約束を果たすため、海賊ショーの最中、語りかける。「亜空の流れ、その果ては何色か？」そして、海賊と少年の亜空を駆ける冒険が始まる！