ある日、突如日本の首都東京を中心とする半径約30km圏が、厚さ2km、高さ150kmの正体不明の雲に覆われ外部との連絡が途絶してしまう。2000万の人々と日本の中枢機能を雲に呑み込まれ、人々は混乱に陥り日本の統治機構はたちまち機能不全となり全国知事会を基礎とした暫定統治機構（臨時国政代行組織）が樹立されるが、財政・外交を中心に問題は山積する。雲の中に家族を取り残された北斗電機の技術開発部長、朝倉達也は雲の調査から電磁波により雲に穴を開けることができるのではないかと考え、電磁波照射車両による雲への突入を決行する。