21世紀の初め。謎の侵略者によって、わずか17日間で地球の半分は壊滅状態に陥った。絶滅を回避するため、人類は最後の望みをあるモノにかけた。それは【石】と呼ばれる不思議な結晶体。【石】の力を引き出せる「適合者」は800万人に1人。人類は「適合者」を探し集め、施設に収容し、特殊エージェントとして訓練を強制した。侵略者を殲滅するための、究極の兵器にするために 現代に蘇った【石】を操りし忍者、その名は“ガッチャマン”