学園都市製宇宙エレベーター「エンデミュオン」完成間近のある日、上条当麻とインデックスは無能力者の少女アリサと出会う。三人で遊んでいると魔術師を引き連れたステイルが来襲し、なぜか科学サイドの人間であるアリサに襲い掛かる。魔術サイドの襲撃に、学園都市はシャットアラウ率いる秩序維持部隊で応戦する。