女神・ベルダンディーと普通の大学生・螢一が出会って3年目の春。ふたりの前に、ベルダンディーのかつての恩師・セレスティンが現れ、彼女から螢一との記憶を奪ってしまった。更に、セレスティンは愛に傷ついた妖精姫・モルガルを使ってふたりの仲を引き裂こうと画策。実は、かつてセレスティンは新しい世界=全ての愛に障壁のない世界を作る為、ベルダンディーを利用して神に反旗を翻したのだが、失敗して月面に投獄され、ベルダンディーもウルドによってその記憶を消されていたのだ。そして今回、月から逃げ出したセレスティンはベルダンディーの力を利用して、再び謀反を企んでいた。しかし、ベルダンディーと螢一の絆は強く、螢一の呼び掛けによって記憶を取り戻したベルダンディーは、螢一とふたり、愛の試練の象徴である“裁きの門を通り抜けることに成功し、それを目の当たりにしたセレスティンは、クーデターとベルダンディーへの愛を諦め何処へか消えていくのであった。