巻町操に緋村剣心の捜索を命じた京都御庭番衆の頭・翁が斬られた。それを見た操は思い人・蒼紫を追うことをあきらめ、京都御庭番衆御頭となることを決意。剣心に蒼紫を討つよう依頼する。京都破壊計画の糸を操る志々雄真実の策略を阻止するため、操は京都を防衛し、剣心は大阪港へ向かう。