遠い未来、人類は地中深くに生存圏を見いだして何百年も息を潜めるように暮らしてきたが、ある日、村の天井が崩れ、巨大なメカ・ガンメンと少女のヨーコが太陽の光とともに姿を現わす。ジーハ村のシモンと地上の存在を夢見ていたカミナはヨーコを仲間に加え、地上へと飛び出していく。