１９９X年、世界は核の炎に包まれた。文明は滅び僅かな食料を奪い合う力の支配する荒廃した未来。北斗神拳、正統伝承者ケンシロウは親友シンに裏切られ恋人ユリアを奪われてしまう。北斗神拳の弟子でありケンシロウの義兄弟であったラオウ、ジャギは乱世に身を任せ暴力での世界統一の野望に燃え軍団を率いて次々と各地を支配していった。ユリアを捜し求め放浪の旅を送るケンシロウは、兄であるジャギ、親友であったシンらとの戦いの中非常さも加わり強くなっていく。そしてついに無双の強さを極めた北斗神拳長兄ラオウとの壮絶な戦いの火蓋が切られる。