前作でウェクセル・ホール社の秘密研究施設から逃げ出した二匹の蛇は、唯一人生き残った女性科学者アマンダの手によって死んだ。だが、その腹の中に既に芽生えていた新たな生命を、密かに持ち出していた研究者がいた。やがて、蛇の子供たちは予想をはるかに上回るスピードで成長し、研究者を襲い脱走してしまう。 この事態に再びアマンダは立ち上がるが、時を同じくしてアナコンダ誕生のきっかけとなった『不死の蘭』から抽出した薬で不老不死の身体を得ようと企む ウェクセル・ホール社会長マードックも殺し屋を雇ってアマンダを追跡していた…