銀河の果てまで移動が可能となった時代。開拓の限りを尽くし新天地を失った人類は、「戻るべき場所」となった地球の居住権をめぐって争いを始める。紛争を終息させる最終兵器として4隻のデス・シャドウ級宇宙戦艦が建造され、その4番艦の艦長としてハーロックが任命される。歴戦の勇士として名をはせた彼だったが、終戦を迎えると同時に戦艦と共に消息を絶ってしまう。やがて、彼は巨大なドクロを艦首に刻んだ宇宙海賊船を操るキャプテンハーロックとなって姿を現し、地球連邦政府に戦いを挑んでいく。