“シティーハンター”は、冴羽獠と槇村香、二人組のプロのスイーパー。ボディーガードから殺しまでどんな依頼でも、一度引き受けたからにはパーフェクトにこなす。依頼方法は、新宿駅東口の伝言板に自分の連絡先と「ＸＹＺ」と書くこと。これは後が無いという意味なのだ。今日もシティーハンターは、ライバルの海坊主や刑事の野上冴子などとともに、法では裁けない悪に立ち向かい、新宿の街で大活躍するのだった。 　ある日、香と美樹が落成パーティーに出席した新築ホテルが、コステロ共和国のギリアム将軍率いる武装集団に制圧され、爆弾をしかけられてしまった。ギリアムは、天才的なハッキング頭脳を持つ娘・ルナに、そのホテルに設置されているスーパーコンピューターを操作させ、アメリカを壊滅させようと企んでいたのだ。 　しかし、街でルナを見かけ、モッコリ目当てに迫る獠と、冴子に依頼（脅迫）された海坊主が、ルナのことを追っていた。トラップだらけのホテルの中をギリアムとルナに迫る獠と海坊主の戦いが始まる。