23世紀。クリンゴン人のある資源衛星が事故により爆発し、同衛星では大気汚染が進み、あと何十年かで同惑星が壊滅する事実が判明する。惑星連邦は講和を申し入れてきたクリンゴン帝国の宰相ゴルコンに対し、カーク船長率いる宇宙船USSエンタープライズの護衛をつけるが、カークの部下スポックが講和を望む一方、かつて自分の息子をあるクリンゴン人に殺された過去があるカークは、講和という事態を受け入れるのに躊躇していた。