東京では青少年保護条例が敷かれ、未成年の夜間外出やインターネットの利用が制限されていた。水面下で戦う若者たちのチーム、サーラットは、東京を支配する七原文人の背後にある秘密組織“塔”が実験で人間を使っているという情報をキャッチする。一方、サーラットのメンバーは、塔の目的を調べるために地下鉄を調査していたが、そこに異形のモノが出現。すると日本刀を手にした少女、小夜が現われる。