謎の敵デザルグとの戦争を続ける、宇宙船内の閉鎖世界メガゾーン。友人の少女・村下智美殺害の容疑（冤罪）を受けて社会的に葬られた若者・矢作省吾は、暴走族「トラッシュ」の面々とともに軍部の前に立ちはだかった。やがて恋人・高中由唯と再会した省吾は、地下に潜伏。メガゾーンの深部に眠る美少女タイプのＡＩ・時祭イブにもう一度接触すべく、行動を起こすが。