ゴジラシリーズ第5作。異常気象に見舞われる日本。そんな中、金星人を名乗る女性が地球の危機を予言すると、阿蘇火口からラドンが、太平洋からゴジラが姿を現す。更には、黒部谷に落下した大隕石から金星を滅亡させた宇宙最強の怪獣キングギドラが出現し、日本各地を荒らしまわる。未曾有の地球の危機に、小美人よりインファント島から招聘されたモスラは、ゴジラとラドンに共闘を求めた。ここに地球三大怪獣対宇宙超怪獣の地上最大の決戦が始まる！