飛べない鳥、バードたちの島バードアイランド。怒りん坊のレッドは周囲になじめず、村の外でひとり暮らしていた。怒りを抑えるべく教室に通い始めた彼は、お調子者のチャック、怖がりのボムというやはり周囲から浮いていた2羽と親しくなる。そんなある日、島にブタのピッグ一族が現われ、バードたちの卵を奪い去ってしまった。この危機に、レッドたちは伝説のヒーロー“マイティ・イーグル”に協力を求める旅に出る。