平凡な女子中学生まどかは、ある日の放課後、親友のさやかと奇怪な異空間にとらわれてしまう。異様な怪物に襲われた2人を救ったのは、同じ学校の先輩で、戦う魔法少女に変身したマミだった。言葉をしゃべる不思議な生き物・キュゥべえから、どんな願いも叶えることを条件に、マミのような魔法少女にならないかと誘われる2人。だが、まどかのクラスの転校生で同じく魔法少女だったほむらが、なぜかまどかの契約を激しく妨害する。