クマのバルーとヒョウのバギーラに見送られ、人間の村にやって来た少年モーグリは、美しい少女シャンティや新しい家族に囲まれ、幸せだけれど少し窮屈な毎日を送っていた。そんなある日、モーグリ恋しさにクマのバルーが村に顔を出す。森でののんきな暮らしが懐かしくなったモーグリは、バルーと一緒にジャングルへと向かうが、モーグリを追ってシャンティと弟ランジャンがジャングルに迷い込んでしまう。そこには、あの人間を襲う恐ろしいトラ、シア･カーンが待ち受けていた。