明治11年。大久保卿暗殺の黒幕、志々雄真実による京都破壊計画が浮上。巻町操は、それを食い止められる力を誇る剣豪・緋村剣心の捜索を、京都御庭番衆の頭から命じられる。東海道を京都へ向かって進んでいく途中で、彼女は剣心を発見。かつて人斬り抜刀斎の異名で恐れられ、明治維新の陰の功労者ともいわれる男だとは思えぬ、実際の彼の姿に戸惑いを覚えながら道中を共にする。