仕えるべき主をもたぬ「はぐれ忍び」牙神獣兵衛は、望月藩お抱えの甲賀組忍びでくノ一の陽炎を偶然助ける。彼女は、下田村に広まった疫病の原因を解明するために仲間たちと一緒に潜入したところを、謎の忍び軍団・鬼門八人衆に襲われたのだ。仲間はすべて殺され、生き残ったのは彼女のみ。陽炎を助けたために、鬼門八人衆に狙われることになった獣兵衛は、その最中、公儀隠密・濁庵の罠にはめられ、敵の陰謀を探る羽目になる。その中で獣兵衛は、みずからがはぐれ忍びとなった過去の因縁と向き合っていく。