太平洋戦争終結後、日本へ進駐したGHQが最初に命じたのは「忍者」組織の解体だった。 それにより全ての忍者は消滅したかに見えたが、 彼らは世界中のあらゆる機関に潜伏し、現代でも暗躍していた。 その数は約 20 万人と言われている。 忍者組織「NIN」に所属する末端忍者・雲隠九郎(下忍)。 暇を持て余していた彼はある日、ある重大な“忍務”を言い渡される。 それは戦後 70 年以上に渡り地下に潜り続けている、ある組織の動きを調べること。 その名は――「アンダーニンジャ」。 忍術、知略、そして最新テクノロジー。 すべてを駆使した、かつてない戦いが今、始まる――!!