野原一家はミライマンに掛け軸の裏を通じて3分後の世界へ連れて行かれた。そこは東京タワーの近隣のビルの屋上に通じており、東京タワーの上空には繭のようなものが浮かび、怪獣が街を襲っていた。ミライマンは時空の乱れが原因で怪獣が次々に出現しており、3分後の未来へ行って怪獣を倒さないと危機が現実になってしまうと告げ、一家に協力を依頼。一家は怪獣退治のために、ミライマンが宿っているシリマルダシの人形を媒介にミライマンの力と正義の心で自由自在に変身する能力を得て怪獣に立ち向かっていく。