突然現われた謎の一団に眠らされたしんのすけたち野原一家。彼らが目覚めたのは、日本中の温泉を守る政府組織・温泉Gメンの秘密基地だった。Gメンによると、ドクター・アカマミレ率いる風呂嫌いの秘密結社が、南極の氷を溶かして地球を水没させる“地球温泉化計画”をたくらんでいるという。彼らに対抗するには、伝説の温泉“金の魂の湯”、略してキンタマの湯の力が必要なのだが、それがなんと野原家の地下にあるというのだ。