物語の舞台は江戸時代後期の享和２（1802）年、第11代将軍徳川家斉の治世――。主人公・お初は、日本橋通町の一膳飯屋の看板娘。まわりを自然と笑顔にする、明るく活発な性格ですが、ある出来事をきっかけに《ふつうの人間には見えないものが見え、聞こえないものが聞こえる不思議な力＝霊験》に目覚めます。 　そんなお初の力を見込んだのが、南町奉行・根岸肥前守鎮衛（やすもり）。彼は世間でささやかれる不可思議な奇談を収集し、『耳袋（みみぶくろ）』と名づけた書物にまとめたことで歴史に名を残した、実在の南町奉行です。“江戸のXファイル”ともいうべき『耳袋』の素材集めにあたって、肥前守はお初に協力を依頼、サポート役として与力見習いの古沢右京之介（ふるさわ・うきょうのすけ）を引き合わせます。 　お初と右京之介が挑むのは、一度死んだ男がよみがえったという奇怪な事件。巷では死者に憑りつかれた＝“死人憑き”と騒がれていましたが、やがて”死人憑き”の犯行と思われる、連続殺人事件が発生…！そして、さらなる謎がお初たちの前に…。なんと約100年前、『忠臣蔵』の物語の発端を作った赤穂藩主・浅野内匠頭が切腹した庭に置かれた岩が、夜ごと鳴動しているというのです。これらの謎は絡まり合い、次第に大きなうねりとなって『忠臣蔵』の奥底に秘められていた悲しくも切ない夫婦の物語へとつながっていくことに。はたして、お初と右京之介がたどり着いた、知られざる『忠臣蔵』の真実とは…!?