リュウがサガットを打ち破ってから数年後。犯罪シンジケートシャドルーの魔の手が世界中に及び、各地でテロ活動などが相次いでいた。事態を重く見たインターポールはアメリカ空軍と協力し、シャドルーの壊滅作戦へと動き出す。一方、シャドルーの総帥たるベガは優れた格闘能力を持つ素体を見つける為にスパイロボットを各地へ配置していた。