2度にも渡る世界の危機を救ったスパイキッズの2人、カルメンとジュニのコルテス姉弟。だが現在、ジュニは秘密諜報員組織OSSに対する不信感から組織を脱退し、独立して探偵を始めていた。そんな中、巷ではバーチャル・ゲーム“ゲームオーバー”が発売され話題に。だが、悪の天才プログラマー、トイメイカーがそのゲームで世界の子供たちを洗脳し、世界支配を企んでいることを察知したOSSは、その陰謀を阻止するため、カルメンを“ゲームオーバー”の世界に送り込む。しかし、彼女も囚われの身となってしまうのだった。