記憶をなくした死刑囚カラム・リンチは、遺伝子操作をする装置によって祖先の記憶を追体験する。カラムの祖先はルネサンス期のスペインでテンプル騎士団に立ち向かうアサシン教団の一員で、人類支配の力を持つ禁断の秘宝のありかを知る、歴史上最後の人物でもあった。現在と過去を行き来する中で、カラムは人類の未来を左右する戦いに身を投じていく──！