“陰縫いの覚醒”は、ムラマサの妖気を集めて強大な力を得ようとする島津恍鬼の策略であった。それは、封印師・剣吾と島津との宿命ともいえる長い闘いの幕開けであった。徳川幕府に迫害された者たちが密かに持ち、彼らの遺恨が宿ったといわれる“妖刀”ムラマサ（村正）。４９振りあるムラマサは、一子相伝で継承されていたが、あまりに危険な刀のため、過去に封印されていた。ところが、なぜかその封印が解かれ、「人を殺すたびに力が溢れ出す」という危険な妖刀として覚醒、現代に甦ってしまう。