主演・窪田正孝による「エヴァンゲリオン」の新たなエンターテインメントが舞台に！ 話題沸騰の新劇場・ＴＨＥＡＴＥＲ　ＭＩＬＡＮＯ－Ｚａのこけら落とし公演。 15年前、世界各地に謎の「侵略者」が出没。日本のある集落には隕石が落下、巨大なクレーターが出現、大きな被害をもたらした。人類の敵「使徒」が出現したとの公式発表がされる。使徒に対抗するため、特務機関「メンシュ」最高司令官、叶サネユキ（田中哲司）は部下の桜井エツコ（宮下今日子）と4体の兵器「エヴァンゲリオン」を開発。サネユキは息子トウマ（永田崇人）をパイロットとしてエヴァンゲリオンに搭乗させる。 幼い頃に巨大隕石で両親と故郷を失ったイオリ（石橋静河）は、メンシュに参加。イオリの前に大学時代の恋人だったソウシ（窪田正孝）が現われ、エヴァパイロットが通う学校の臨時教師になったことを彼女に告げる。次々と襲来する使徒、パイロットたち少年少女の想いはさまざまに揺らぎ、すれ違っていく。使徒襲来で起きた意外な出来事を通じ、人々の心は大きく動き始め、真実が次々と明らかになり、驚くべき結末へと向かっていく。