バトルシティでの戦いを経て三枚の「神のカード」を入手した武藤遊戯。ライバルの海馬瀬人は彼を打ち倒すべく、デュエルモンスターズの創始者ペガサス・J・クロフォードのもとを訪れ、「神のカード」を打ち破る強力な二枚のカードを手に入れる。再び遊戯に挑む海馬であったが、そのデュエルの裏には千年パズルと対をなす8つ目の千年アイテム「光のピラミッド」を所有したアヌビスの邪悪なる陰謀が隠されていた。