元アメリカ特殊部隊隊長メイトリクスは退役し娘と山小屋で平和な日々を送っていた。ある日かつての部下達が次々と殺害され愛娘までも拉致されてしまう。娘の命と引き換えに過去の作戦で政変を起こした国の大統領暗殺を強要されるが、メイトリクスの狙いは敵の殲滅と娘の奪還のみだった。殺戮マシーンと化したメイトリクスの一人世界大戦が孤島バルベルデで強引に開始される。