世界大戦による核戦争後の近未来。暴力が支配する闇と混沌の世界の中、1800年の歴史を持つ究極の暗殺拳・北斗神拳の伝承者ケンシロウは、救世主と呼ばれる道を歩み出す。一方、北斗を離れた長兄のラオウは、武力と恐怖による支配こそ、この世界に新しい秩序をもたらすと信じ、ケンシロウとは真逆の道を歩き出していた。