Odlučno će krenuti kući u voljeni New York, dok kralj Julien, Maurice i Pingvini kreću u zajedničku avanturu. U ovom nastavku put ih vodi kroz Europu, gdje su pronašli savršeno skrovište: putujući cirkus, koji su uredili u Madagaskar stilu! U trećem nastavku serijala Madagaskar lav Alex, zebra Marty, nilski konj Gloria i žirafa Melman odlučni su vratiti se u The Central Park Zoo u New York Cityju. Jedini način za povratak je da što prije pronađu pingvine. Odlazeći iz Afrike putem skreću i nađu se u Europi loveći pingvine i čimpanze koji su uspjeli opljačkati kockarnicu u Monte Carlu. Uskoro ih otkriva Chantel DuBois kojoj se ne svida što životinje iz zoološkog vrta slobodno jure njenim gradom i uživa u ideji da će uloviti svog prvog lava. Životinje se savršeno skrivaju u bivšem putujućem cirkusu i smišljaju kako bi ga ponovno otvorile i žive stigle u New York.