לו קאנג, צאצאו של קונג לאו הדגול, נכנס לתחרות המורטל קומבט במטרה להשיב את האיזון על כנו. מצטרף אליו כוכב הקולנוע ג'וני קייג, שבהסתמך לסרט הקולנוע הגיע משום שרצה להוכיח לעולם כי הוא יודע להילחם ואינו זיוף. אל התחרות נמשכת סוכנת הכוחות המיוחדים סוניה בלייד לאחר שהיא רודפת אחרי קיינו, חבר בכנופיית הדרקון השחור. לוחם שבט ה"לין-קוויי" סאב-זירו הוזמן בידי שאנג טסונג בעצמו, והנינג'ה סקורפיון, הלוחם האלמותי של שבט ה-"שיראי-ריו" אשר נקם שבועת דם נגד סאב-זירו ורודף אחריו. ריידן, אל הברק והרעם, אף הוא הוזמן באופן אישי על ידי שאנג טסונג, לבש צורה אנושית והצטרף ללוחמים.