סוכני האף-בי-איי מאלדר וסקאלי נכנסים לסבך החקירה של הפרוייקט הסודי של הממשלה. ברוח הסדרה, הרבה שאלות מתעוררות, אך לשמחת הותיקים גם פתרונות ניתנים. לכל המעריצים שנמאס להם לחכות לעונה הבאה של "תיקים באפלה" בטלויזיה, פרק ארוך במיוחד שהוא תחילתה של סדרת סרטים ארוכה (אם "מסע בין כוכבים" עשו את זה, גם מאלדר וסקאלי יכולים).