בכפר קטן גדלים שני אחים. יום אחד אמם של השניים מתה ממחלה ומשאירה את שני ילדיה שבורים וכואבים. ביגונם הם מחליטים להפר את האיסור הכי חמור באלכימיה ולהחזיר את אמם לחיים. בנסיון להחזיר את אמם, אדוארד, הבכור, מאבד את רגלו השמאלית ואלפונס נעלם לתוך הריק. נואש שלא לאבד גם את אחיו, אדוארד מקריב את ידו הימנית ומצליח לכבול את הנשמה של אחיו הקטן לשריון ברזל קרוב. בהמשך, אדוארד מתבקש להיות 'אלכימאי לאומי'. אדוארד, שרוצה למצוא דרך להחזיר את המצב לקדמותו, מסכים. יחד עם אחיו, הם יוצאים אל עיר הבירה במטרה לשקם את גופם. מטרתם, למצוא את 'אבן החכמים', אבן אגדית שלפי השמועות מסוגלת לתת למחזיק בה את היכולת לבצע אלכימיה ללא כל מחיר. כאן מתחיל מסע התבגרות שיכלול כימרות מסוכנות, ניסיון הפיכה ורצח המוני, קשרי ידידות ואויבות וניסיון להגיע עד לאל הכול יכול של העולם.