בעתיד הרחוק, ביפן המודרנית, מייג'ור היא צעירה שעוברת ניתוח שמכניס את מוחה לגוף קיברנטי, ובעקבותיו היא מקבלת יכולות גופניות על אנושיות. היא מופקדת על פיקוד "מחלק 9", יחידה מיוחדת המתמחה בפשעי טכנולוגיה ולחימה קיברנטית, המתמודדת עם אויב חדש שמטרתו לחבל בטכנולוגיית הבינה המלאכותית. אך תוך כדי המצוד אחר האויב, מתגלים למייג'ור סודות אודות עברה, אשר משנים את חייה וגורמים לה לבחון מחדש את המרדף אותו היא מנהלת.